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Génotypage MLVA de Pseudomonas aeruginosa
Marqueurs évalués et non conservés dans Vu Thien 2007
L’article Vu Thien et al., JCM 2007 propose un typage MLVA utilisant 15 marqueurs. D’autres marqueurs ont été évalués, soit dans l’article initial de Onteniente et al., 2003, soit dans le cadre du travail de 2007. Ces marqueurs n’ont pas été conservés, soit parce qu’ils ne sont pas polymorphes, soit parce que ils ne sont pas suffisammment “robustes”, i.e. qu’il y a par exemple trop souvent absence d’amplification. Vu Thien et al. 2007 ont évalué des marqueurs nommés ms202 à ms206, ms210, ms218 à 221, et (...)
Tableau de correspondance pour assignation du nombre de copies
Le tableau permet d’établir aisément la correspondance entre une taille d’allèle mesurée sur gel ou par un autre appareillage, et le codage (nombre de motifs) associé. Les tailles attendues dans les souches de référence PAO1 et PA14 sont indiquées. Les valeurs données sont celles obtenues en utilisant les amorces décrites dans Vu Thien 2007. Bien entendu, en cas d’utilisation d’autres jeux d’amorces, il est essentiel de modifier le tableau en conséquence, pour tenir compte le cas échéant des différences (...)
Préparation d’ADN et protocole MLVA
Protocole de mise en oeuvre du génotypage par 15 VNTRs
