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Marqueurs évalués et non conservés dans Vu Thien 2007

par Christine Pourcel - 7 août 2007

L’article Vu Thien et al., JCM 2007 propose un typage MLVA utilisant 15 marqueurs. D’autres marqueurs ont été évalués, soit dans l’article initial de Onteniente et al., 2003, soit dans le cadre du travail de 2007. Ces marqueurs n’ont pas été conservés, soit parce qu’ils ne sont pas polymorphes, soit parce que ils ne sont pas suffisammment “robustes”, i.e. qu’il y a par exemple trop souvent absence d’amplification. Vu Thien et al. 2007 ont évalué des marqueurs nommés ms202 à ms206, ms210, ms218 à 221, et ms224. Ces essais ne sont pas présentés dans l’article, mais ces marqueurs apparaissent dans la base de données des répétitions en tandem, http://tandemrepeat.i2bc.paris-sacl... afin d’éviter la duplication d’effforts. On peut noter également que Vu Thien 2007 ne conserve pas les marqueurs ms10 et ms61 (deux microsatellites à motifs de 6 pb) dont le taux de mutation est très élevé. Ces marqueurs pourront trouver un usage dans un contexte différent.