Contenu de l’atelier
1-mise au point d’un protocole de typage MLVA pour une nouvelle espèce, utilisation de la base de données des répétitions en tandem, stratégie de choix de séquences d’amorces
2-principes et démonstration de l’organisation du typage MLVA, bonnes pratiques, contrôle de qualité, validation des données
3-lecture de données, analyse, comparaison avec des données externes (publiées, publiques, ou de collaborateurs), outils de comparaison et de visualisation des analyses
4-organisation de l’archivage de données : bases de données locales ou partagées sur internet, outils associés de visualisation
5-automatisation des typages
6-politique de qualité et stratégie de validation de laboratoires au sein d’un réseau.
Si vous pensez pouvoir être intéressé(e) par le cours, n’hésitez pas à vous manifester auprès de Christine Pourcel ou Jean-Louis Koeck, sans engagement de votre part, pour être inclus(e) dans notre liste de contacts.
Pré-requis :
1-l’atelier n’est pas une formation à la PCR. Une bonne pratique de la PCR est indispensable à la mise en oeuvre du typage MLVA et est supposée existante dans le laboratoire des participants. L’atelier montrera des aspects d’organisation du typage présentant des spécificités "MLVA"
2-connaissances élémentaires en bioinformatique (manipulation de séquences)
3-l’objectif de l’atelier étant l’accélération de la diffusion de la méthodologie MLVA dans la communauté francophone, il est demandé aux participants soit d’avoir déjà une activité d’épidémiologie moléculaire ou de génotypage par une ou des techniques d’analyse de l’ADN (parmi par exemple un des nombreux acronymes PFGE, MLST, PCR-RFLP, IS-typing, IRS-PCR, ERIC-PCR, BOX-PCR, RAPD, AFLP ...) soit un projet à court terme de mise en place de génotypage par MLVA.
